السنوات الأخيرة وفاته
منذ العام 2003 إتخذ حبش من الأردن مكانا لإقامته وذلك بعد مشاكل صحية عانى منها، وفي 26 يناير 2008 توفي في العاصمة الأردنية عمّان بسبب جلطة قلبية، وذكرت تقارير أخرى أنه توفي بسرطان البروستات، ولكن السفير الفلسطيني في الأردن عطا الله خيري أكد أن سبب الوفاة كان "جلطة". وكان حبش قد أدخل مستشفى الأردن بالعاصمة الأردنية أسبوعا قبل وفاته عقب تدهور صحته، ودفن في عمان.[2].
إسرائيل: لماذا لم يغتله الموساد؟
تناولت الصحف الإسرائيلية وفاة جورج حبش من زاوية فشل الموساد الإسرائيلي في تقدير حالته الصحية وتوقع وفاته، رغم أنه كان هدفا لهذا الجهاز ألاستخباري على مدى سنوات. وتساءلت الصحافة عن دور الموساد في تعقب حبش، ولماذا لم يعجل بوصوله إلى "الجحيم". وقال موقع "معاريف" الإلكتروني إن الدكتور حبش الذي توفي عن عمر ناهز 82 عاما نفذ خلالها أكثر العمليات العسكرية فعالية على غرار ما شهده مطار بن غوريون عام 1972 واغتيال وزير السياحة رحبعام زئيفي، وحاول الموساد الإسرائيلي عام 1973 اختطاف حبش حين اعترضت مقاتلات إسرائيلية طائرة مدنية عراقية وأجبرتها على الهبوط في مطار بن غوريون، ومن ثم سمحت لها بالإقلاع والمغادرة بعد أن تبين خطأ المعلومات الاستخبارية، وان الدكتور حبش لم يكن على متنها. واعتبرت "معاريف" أن الموساد الإسرائيلي فقد أيام مجده، وضربت مثلا على ذلك وفاة حبش طبيعياً.